המשרד להגנת הסביבה פתח הבוקר (א') את חדר המצב הארצי ומפעיל את תוכניות החירום. בעקבות ההסלמה הביטחונית והאפשרות כי תתרחש פגיעה במפעלים המכילים חומרים מסוכנים ובמפעלים אשר הוכרזו על ידי המשרד חיוניים, המשרד שותף בהערכות המצב של גורמי החירום השונים, בהם פיקוד העורף, רח"ל ושאר גופי הממשלה הרלוונטיים.
בשעת חירום ביטחונית, פיקוד העורף הוא הגוף האחראי לתפעול אירועים ביטחוניים, ותחת אחריותו מיגון אתרים ומפעלים המכילים חומרים מסוכנים שפגיעה בהם יכולה להיות סכנה לציבור. המשרד להגנת הסביבה, הגוף המנחה הלאומי לטיפול בחומרים מסוכנים, מלווה את גורמי המקצוע בפיקוד העורף וערוך לתת מענה לכל אירוע סביבתי ולתמוך בפיקוד העורף בעניין היערכות ומיגון של המפעלים.
גורמי המקצוע של המשרד להגנת הסביבה מסייעים בכל החודשים האחרונים לבחינת עמידתם של מפעלים המכילים חומרים מסוכנים בהנחיות פיקוד העורף למיגון בטיחותי – בפעולה משותפת של כונני החירום של המשרד, איגודי הערים לאיכות הסביבה והיחידות הסביבתיות. המשרד מסייע להמשך רציפות והמשך תפקוד בתעשייה וברשויות המקומיות.
בכל אירוע של חומרים מסוכנים, יש להתקשר למוקד החירום של המשרד להגנת הסביבה בטלפון *6911. הנחיות פיקוד העורף הוכחו כמצילות חיים, ויש לפעול לפיהן בקבלת התרעה על ירי רקטות וחדירת כלי טיס.